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化学中的常用计算机软件与资源

发布时间:2017-12-03 阅读:

  常用的计算机软件和化学资源

  作者:未知来源:未知加入时间:2003-11-29浏览次数:[字体大小字体小字体]电脑作为学习化学和研究的工具起着不可替代的作用。它不仅有助于我们做文书工作,如书写和图形,而且还可以帮助我们在化学学习和研究的各个方面更快更好地工作。本章介绍一些您可以在PC上使用的常用化学软件,以帮助您在自己的学习和研究中做出有效和快速的选择。化学结构市场上编辑软件的化学结构很多,各有所长。这两种商品,也为教育和家庭免费。其主要功能是描述化学化合物的结构,化学反应方程式,化学流程图,简单的实验安装计划和其他化学常用图形绘制。常用的软件有:ChemDraw,ChemWindow,ISIS Draw,ChemSketch等。前两个是商业软件,有关它们的信息可以在http://www.camsoft.com/和http://www.sadtlersuite.com/上分别找到,最新版本分别是6.0和6.5。最后两个是教育和家庭使用的免费软件,可在各自的网站上下载,http://www.mdli.com/和http://www.acdlabs.com/分别使用最新版本2.2和4.0。 ChemDraw是目前最常用的结构化编辑软件,除了上述的一般功能之外,超级版本还可以预测分子的常见物理和化学性质,如:熔点,发热量;结构按照IUPAC原则命名;预测质子和碳13化学位移。 ChemWindow最突出的特点之一就是与光谱相结合。它的6.5光谱版本包括一个大约50,000个13C NMR(高达250Mhz)的数据库,因此在其预测中更准确;除了基于化合物的结构预测13C NMR化学位移,还可以预测红外光谱,质谱等,还可以读取NMR,IR,Raman,UV和色谱图的标准格式。虽然这些方案可以画出非常好的二维化学结构,但除了ChemSketch之外,要展现三维化学结构非常困难,必须依靠一些专门的3D软件来实现。三维结构\\ u0026更为着名的三维化学结构显示和渲染软件:Chem3D,WebLab Viewer Pro,RasWin,ChemBuilder 3D,ChemSite等。它们能够以线图(线框),CPK和色带模式显示三维结构复合。精简版的RasWin和WebLab Viewer只能显示和不能编辑3D分子模型。对于免费软件,RasWin可以在几乎所有的化学软件站点找到。 WebLab查看器可以从http://www.msi.com/下载。与ChemDraw一样,Chem3D是ChemOffice的一部分,可与ChemDraw很好地协作。在ChemDraw上绘制的二维结构可以自动,正确地转换成三维结构。其超版本还包括一个很好的半经验量子化学计算程序MOPAC 97,并可以连接着名的Gaussian98算盘计算程序,作为其输入和输出接口。量子化学结果可以以三维显示,例如分子轨道,电荷密度分布等等。 \\ u0026 \\ u0026 WebLab Viewer的专业版更能代表生物分子和晶体结构。从下图可以看出:Porin山梨酸根沸石数据处理数据的化学处理是多种多样的,需要不同的软件来满足不同的数据处理要求。通用软件如Origin,SigmaPlot等可以根据需要对实验数据进行数学处理,统计分析,傅立叶变换,t检验,线性拟合和非线性拟合;绘制散点图,条形图,折线图,饼图,面积图,曲面图,等高线图等二维和三维图形。 Origin的最新版本6.0,其演示版本可从http://www.originlab.com/下载,SigmaPlot 2000的最新版本,评估版本可从http://www.spss.com/下载。 \\ u0026 NBSP; \\ u0026讲话者来源的二维和三维图形产生:; \\ u0026 NBSP; \\ u0026 NBSP; \\ u0026 NBSP NMR数据处理软件:坚果,梅斯特C,GIFA等,螺母可以处理单二维和二维核磁共振数据,其功能包括支付傅里叶变换,相位校正,差谱,模拟谱,匀场练习等核磁共振仪器的操作软件几乎所有的功能都不是广泛安装(3M)一千美元,演示版本可以在http://www.acornnmr.com/下载找到; MestRe-C是一款免费软件,可以处理一维核磁数据并且功能齐全,其最新版本是2.3,感兴趣的人可以查看下载的信息http:// qobrue.usc.es/jsgroup/MestRe-C/MestRe-C.html; Gifa可以处理一维到三维的核磁数据,为了在免费软件上运行LINUX操作系统X-Window,可以在http://www.cbs.univmontp1.fr/GIFA/上找到相关信息。 \\ u0026 \\ u0026由坚果产生的一维和二维核磁共振谱图: \\ u0026 \\ u0026处理色谱和红外,拉曼等实验数据可能用到GRAMS / 32,该信息可在公司网站http://www.galactic.com/下载,可以申请免费试用CDROM文件管理。在收集参考文献的过程中,文件管理程序可以帮助您组织,安排收集到的内容;编写研究论文的过程,它允许您将参考文献直接插入到您的文字处理中,并自动生成参考文献清单这些程序的代表是:EndNote 4,参考文献管理器ProCite之类的,它们可以组织文献,可以直接插入参考文字处理程序,并产生一定的预先确定的参考文献列表格式。所不同的是EndNote 4中文版的Word处理程序如Word兼容性问题,导致Word无法启动。两个节目没有这样的麻烦。该程序的演示版或测试版可以在http://www.niles.com/(EndNote)和http://www.risinc.com/(参考管理器9.5,ProCite 5.0)上找到。光谱分析\\ u0026 \\ u0026有机化合物的分析红外,核磁共振和质谱有时是一个非常困难的任务,特别是对于复杂化合物的分析。核磁共振谱的分析目标化合物的化学位移可以使用软件如ChemnMR,C13模块for ChemWindow,gNMR等软件进行估算或模拟,以帮助鉴定化合物。 ChemNMR是ChemDraw Ultra版本的插件,可用于估算大多数有机化合物的1H,13C化学位移和线图中的相应图谱。 ChemWindow的C13模块是ChemWindow的一个插件,可以用来估计13C的化学位移,gNMR可以用任何化学位移来估计核磁共振的活性核,并且可以绘制出非常现实的图谱,包中的几个工具(gSPG,gCVT)也可用于处理一维NMR光谱数据,并可与模拟光谱进行比较,程序信息和演示版本可查阅http://www.cherwell.com/二维核磁共振分析可以用Sparky程序,尤其对于复杂的2D NMR分析是非常有用的。 IR Mentor Pro和IR SearchMaster辅助工具是专门用来分辨红外光谱的,它可以自动分析给定数据处理的红外光谱,分析或功能组可能存在给定的振动谱带,相关的演示版本可以在ftp://ftp.softshell.com/pub/下载。MassSpectra Simulator是一个质谱模拟程序,关于这方面的信息可以在http://members.aol.com/gjlinker上找到。另外,ChemWindow 6.0光谱学中还有质谱辅助工具。计算机辅助教学\\ u0026使用电脑动画,多媒体等功能帮助学习一些更抽象的是一个非常有用的工具。这类软件市场非常大,数量众多。这里只介绍两种有机合成路线的设计和有机化合物的命名工具。 \\ u0026 \\ u0026 CHAOS程序出现的时间较早,它与“有机化学在行动”一书中列举的小巧玲珑可以使用这种“逆向法”自动找到合成材料的对象,非常好用。早些时候有人介绍说,超级版本的ChemDraw包含IUPAC有机物命名法,因为它包含一个Beilstein AutoNom 2.0命名软件;事实上,今年该公司推出的AutoNom 4.0版本具有更强大的功能,除了赋予IUPAC名称外,还赋予了CAS名称,还增加了对立体化学的支持。该软件的演示版本可以从http://www.beilstein.com/网站下载。量子化学计算量子化学任何其他工具对分子结构和性质的解释和预测都是不可替代的。但是对于大多数化学家来说,理解量子化学计算的每一个细节都是不可能的或者不必要的,我们只关心结果。与计算分子结构和性质有关的程序已逐渐成为化学研究中不可或缺的工具:WinMOPAC计算着名的半经验分子轨道(AM1,PM3,MINDO,MNDO / 3等)的MOPAC程序的商业版本。与共享版本相比,界面更友善,方式更多。计算出的分子轨道和电荷密度可以用三维图表示。最新版本的2000.信息可以在http://www.winmopac.com/网站上找到。 PC Spartan WaveFunction公司的产品,分为标准版,加版和专业版,随后增加了功能,其计算方法包括:MM2,AM1,AM1与溶剂,PM3,从头计算,还有分子轨道电荷密度和其他三维图形,信息可以在http://www.winmopac.com/网站上找到;此外,公司还有一个Titan程序,这将在本文后面进行描述,HyperChem比PC Spartan更强,包括几乎所有常用的分子力学和半经验分子轨道方法,以及从头计算的各种基组,以及振动光谱学,电子光谱学,分子动力学等。所获得的结果可以是非常漂亮的三维图形表达,它的网站是http://www.hyper.com/,你可以下载测试版本。Gamess是一个免费的从头计算程序,速度快,提供源代码码。但是对于DOS界面的界面,必须手动输入分子结构和计算相关的命令,比较复杂。有关信息可以在http://www.msg.ameslab.gov/GAMESS/GAMESS.html找到。另外,Visualize是一个专门为Gamess设计的用户界面,使得结构和命令输入更加简单,并以3D方式计算结果。该软件也是免费的,可以从http://www.compbio.net/下载高斯在量子化学领域是着名的,支持常用的半经验方法,从头计算方法和密度泛函理论,及其用户界面不够友好。但Chem3D添加CS高斯客户端插件后,用户可以简化。该网站在http://www.gaussianinc.com/。捷豹是薛定谔的从头计算和密度功能计算程序,专为使用诸如SGI,HP,DEC和Linux操作系统等工作站的个人电脑而设计,而且速度快且用户友好,其网站是http://www.schrodinger.com / Titan是设计PC Spartan的WaveFunction公司和设计Jaguar的Schrodinger之间的合作,它支持半经验方法,从头计算和密度泛函计算,并具有用户友好的界面,但功能相对较弱此外,最初由牛津分子有限公司开发并由日本富士通公司收购的CAChe计划是为实验化学家设计的,它使用了功能强大的量子化学计划,但价格相对昂贵。丙烷用PC Spartan计算HOMO计算机用HyperChem计算HOMO计算机作为化学学习和研究的工具,具有不可替代的作用。它有助于我们做文书工作,比如写作和图形,但是它也可以帮助我们在化学学习和研究的各个方面更快更好地工作。本章介绍一些您可以在PC上使用的常用化学软件,以帮助您在自己的学习和研究中做出有效和快速的选择。化学结构市场上编辑软件的化学结构很多,各有所长。这两种商品,也为教育和家庭免费。其主要功能是描绘化合物的结构,化学反应方程式,化学流程图,简单的实验安装计划等化学常用图形绘制。常用的软件有:ChemDraw,ChemWindow,ISIS Draw,ChemSketch等。前两个是商业软件,有关它们的信息可以在http://www.camsoft.com/和http://www.sadtlersuite.com/上分别找到,最新版本分别是6.0和6.5。最后两个是教育和家庭使用的免费软件,可以在各自的网站上下载,分别是http://www.mdli.com/和http://www.acdlabs.com/,最新版本分别为2.2和4.0。 ChemDraw是目前最常用的结构化编辑软件,除了上述的一般功能之外,超级版本还可以预测分子的常见物理和化学性质,如:熔点,发热量;结构按照IUPAC原则命名;预测质子和碳13化学位移。 ChemWindow最突出的特点之一就是与光谱相结合。它的6.5光谱版本包括一个大约50,000个13C NMR(高达250Mhz)的数据库,因此在其预测中更准确;除了基于化合物的结构预测13C NMR化学位移,还可以预测红外光谱,质谱等,还可以读取NMR,IR,Raman,UV和色谱图的标准格式。 \\ u0026 \\ u0026虽然这些程序可以画出非常好的二维化学结构,但除了ChemSketch之外,要展示三维化学结构是非常困难的,必须依靠一些专门的3D软件。三维结构\\ u0026更为着名的三维化学结构显示和渲染软件:Chem3D,WebLab Viewer Pro,RasWin,ChemBuilder 3D,ChemSite等。它们能够以线图(线框),CPK和色带模式显示三维结构复合。其中RasWin和WebLab Viewer Lite版本只能显示但不能编辑免费软件的三维分子模型,RasWin可以在几乎所有的化学软件站点找到,Download WebLab Viewer是http://www.msi.com/。与ChemDraw一样,Chem3D是ChemOffice的一部分,可与ChemDraw很好地协作。在ChemDraw上绘制的二维结构可以自动,正确地转换成三维结构。其超版本还包括一个很好的半经验量子化学计算程序MOPAC 97,并可以连接着名的Gaussian98算盘计算程序,作为其输入和输出接口。量子化学结果可以以三维显示,例如分子轨道,电荷密度分布等等。 \\ u0026 \\ u0026 WebLab Viewer的专业版更能代表生物分子和晶体结构。从下图可以看出:Porin山梨酸根沸石数据处理数据的化学处理是多种多样的,需要不同的软件来满足不同的数据处理要求。通用软件如:Origin,SigmaPlot之类可能需要数学处理实验数据,统计分析,傅立叶变换,T检验,线性拟合和非线性拟合;绘制二维和三维图形,如:散点图,条形图,折线图,饼图,面积图,曲面图,等高线图等。 Origin的最新版本6.0,它的演示版本可以从http://www.originlab.com/下载,最新版本的SigmaPlot 2000,评估版本可以从http://www.spss.com/下载。二维和三维图形由Origin生成:NMR数据处理软件:NUTS,MestRe-C,Gifa等,NUTS可以处理一维和二维的核磁数据,几乎所有的操作功能核磁共振仪器的软件如傅里叶变换,相位校正,差谱,模拟谱,匀场练习等,并不是很广泛(3M),花费了一千美元,演示版本可以在http: / www .acornnmr.com /下载; MestRe-C是一款处理一维核磁数据的免费软件,功能全面,最新版本为2.3,有兴趣的可以查看http://qobrue.usc .es / jsgroup / MestRe-C / MestRe-C.html下载; Gifa可以处理一到三维onal核磁共振数据,在免费软件上运行LINUX操作系统X-Window,可以在http://www.cbs.univmontp1.fr/GIFA/找到相关信息。 \\ u0026 \\ u0026由坚果产生的一维和二维核磁共振谱图: \\ u0026 \\ u0026处理色谱和红外,拉曼等实验数据可能用到GRAMS / 32,这些信息可以到公司的网站http:// www.galactic.com/或者获得免费的试用光盘。文件管理\\ \\ \\ \\ \\在收集参考文献的过程中,文档管理程序可以帮助您组织和安排收集到的内容,在撰写研究论文的过程中,您可以直接在您的文字处理中插入参考文献并自动生成列表这些程序的代表是:EndNote 4,Reference Manager和ProCite等,它们可以在文献中整理,这个过程可以直接插入到参考文件中,并生成一个杂志定义的参考文件列表。不同的是EndNote 4中文版的文字处理程序如Word兼容性问题,导致Word不能启动。另外两个pr没有这样的麻烦。该程序的演示版或测试版可以在http://www.niles.com/(EndNote)和http://www.risinc.com/(参考管理器9.5,ProCite 5.0)上找到。光谱分析\\ u0026 \\ u0026有机化合物的分析红外,核磁共振和质谱有时是一个非常困难的任务,特别是对于肛门复杂化合物的分析。核磁共振谱的分析目标化合物的化学位移可以使用软件如ChemnMR,C13模块for ChemWindow,gNMR等软件进行估算或模拟,以帮助鉴定化合物。 ChemNMR是ChemDraw Ultra版本的插件,可用于估算大多数有机化合物的1H,13C化学位移和线图中的相应图谱。 ChemWindow的C13模块是ChemWindow的一个插件,可以用来估算13C。化学位移gNMR可以用来估算任何核磁共振激活核心的化学位移,并创建一个非常实际的图谱。包含在软件包中的几种工具(gSPG,gCVT)也用于处理1D NMR数据。可以与模拟谱图相比较,程序信息和演示版本可以参考http://www.cherwell.com/二维核磁共振分析可以用Sparky程序,尤其对于复杂的2D NMR分析是非常有用的。 IR Mentor Pro和IR SearchMaster是专门设计用于帮助分析红外光谱的工具,允许他们自动分析和处理给定的红外光谱数据,或给出可能的功能组,以给定振动光谱。演示版本可以在ftp://ftp.softshell.com/pub/ MassSpectra模拟器是一个质谱模拟程序,关于这方面的信息可以在http://members.aol.com/gjlinker找到。另外,ChemWindow 6.0光谱学中还有质谱辅助工具。计算机辅助教学\\ u0026使用电脑动画,多媒体等功能帮助学习一些更抽象的是一个非常有用的工具。这类软件市场非常大,数量众多。这里只介绍两种有机合成路线的设计和有机化合物的命名工具。 “有机化学在行动”一书中较早出现了CHAOS程序,这是一个简短而方便的程序,它使用“反向排序法”自动查找目标的合成材料。早些时候有人介绍说,超级版本的ChemDraw包含IUPAC有机物命名法,因为它包含一个Beilstein AutoNom 2.0命名软件;事实上,今年该公司推出的AutoNom 4.0版本具有更强大的功能,除了赋予IUPAC名称外,还赋予了CAS名称,还增加了对立体化学的支持。该软件的演示版本可以从http://www.beilstein.com/网站下载。量子化学计算量子化学任何其他工具对分子结构和性质的解释和预测都是不可替代的。但是对于大多数化学家来说,理解量子化学计算的每一个细节都是不可能的或者不必要的,我们只关心结果。与计算分子结构和性质有关的程序已逐渐成为化学研究中不可或缺的工具:WinMOPAC计算着名的半经验分子轨道(AM1,PM3,MINDO,MNDO / 3等)的MOPAC程序的商业版本。与共享版本相比,界面更友善,方式更多。计算出的分子轨道和电荷密度可以用三维图表示。最新版本的2000.信息可以在http://www.winmopac.com/网站上找到。 PC Spartan WaveFunction公司的产品,分为标准版,加版和专业版,随后增加了功能,其计算方法包括:MM2,AM1,AM1与溶剂,PM3,从头计算,还有分子轨道电荷密度和其他三维图形,信息可以在http://www.winmopac.com/网站上找到;此外,公司还有一个Titan程序,这将在本文后面进行描述,HyperChem比PC Spartan更强,包括几乎所有常用的分子力学和半经验分子轨道方法,以及从头计算的各种基组,以及振动光谱学,电子光谱学,分子动力学等。所获得的结果可以是非常漂亮的三维图形表达,它的网站是http://www.hyper.com/,你可以下载测试版本。Gamess是一个免费的从头计算程序,速度快,提供源代码码。但是对于DOS界面的界面,必须手动输入分子结构和计算相关的命令,比较复杂。有关信息可以在http://www.msg.ameslab.gov/GAMESS/GAMESS.html找到。另外,Visualize是一个专门为Gamess设计的用户界面,使得结构和命令输入更加简单,并以3D方式计算结果。该软件也是免费的,可以从http://www.compbio.net/下载高斯在量子化学领域是着名的,支持常用的半经验方法,从头计算方法和密度泛函理论,及其用户界面不够友好。但Chem3D添加CS高斯客户端插件后,用户可以简化。该网站在http://www.gaussianinc.com/。捷豹是薛定谔的从头计算和密度功能计算程序,专为使用诸如SGI,HP,DEC和Linux操作系统等工作站的个人电脑而设计,而且速度快且用户友好,其网站是http://www.schrodinger.com / Titan是设计PC Spartan的WaveFunction公司和设计Jaguar的Schrodinger之间的合作,它支持半经验方法,从头计算和密度泛函计算,并具有用户友好界面,但功能相对较弱此外,最初由牛津分子有限公司开发并由日本富士通公司收购的CAChe计划是为实验化学家设计的,它使用了功能强大的强大的量子化学计划,但价格相对较贵。\\ u0026 nbsp;计算由HyperChem计算的HOMO甲醛的HOMO在由PC Spartan计算的丙烷的电子密度图上

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